La lotta contro le eresie
La necessità di difendere l'ortodossia cristiana dalle eresie scandisce la soluzione dei maggiori problemi teologici. La polemica contro i manichei e la loro visione dualistica del mondo porta Agostino a sottolineare la bontà della creazione, la trascendenza di Dio e la superiorità dello spirito sulla carne, che diventa la base della sua gnoseologia.
Contro il donatismo, movimento africano sostenitore di una Chiesa "pura", Agostino afferma che la Chiesa è una società visibile, composta di santi e di peccatori, e che l'efficacia dei sacramenti non dipende dalla vita morale di chi li amministra, ma dalla grazia divina che opera in essi.
Contro il pelagianesimo (dottrina elaborata dal monaco bretone Pelagio, che sosteneva la capacità dell'uomo di fare e scegliere il bene nonostante il peccato originale e quindi di salvarsi con le sue sole forze) Agostino ribadisce la presenza del peccato originale e la necessità della grazia per ottenere la salvezza (De natura et gratia).
Il De Trinitate (399-426) è la vetta della speculazione dei primi secoli cristiani sulla Trinità: per spiegare il mistero delle persone divine, Agostino ricorre ad analogie con le creature e con l'animo umano, chiarendo come le tre persone sussistono in un'unica natura distinguendosi per le diverse relazioni. Dio padre genera la sua sapienza, il Verbo, che è figlio; la relazione d'amore tra Padre e Figlio è lo Spirito Santo. Analogamente, in ogni uomo pensiero, conoscenza e amore, pur potendosi distinguere, sono strettamente congiunti nell'unità della coscienza; Agostino rintraccia la presenza di triadi unificate in tutto l'universo, che riporta l'impronta del creatore. Nel De civitate Dei (La città di Dio), infine, delinea una teologia della storia che vede contrapporsi due città, una terrena e una divina: la prima cerca il benessere, la seconda la pace eterna. Nel corso della storia le due città si mescolano, la separazione tra buoni e cattivi avviene nell'aldilà e si conclude con il giudizio universale.